「ロックマン ザ パズルバトル」は、隣り合ったブロックを入れ替えて、縦または横に同色ブロックを3個以上揃えるとブロックが消え、敵のライフエネルギーにダメージを与えていくパズルゲーム。
プレイヤー（ロックマン）とボスキャラクターが交互にブロックを消して相手を攻撃しあい、先に相手のライフゲージを0にすれば勝ちだ。
ブロックを4個以上消すと「エキストラターン」で再度攻撃ができる。また、5個以上消すと「エキストラターン」が追加された上にライフゲージを一定量回復してくれる「E缶」が手に入る。
「ロックマン」でおなじみの、ボスを倒すともらえる特殊武器も健在。使用することで「ステージ内の1色ブロックを全て消す」などの効果が発揮するので、うまく活用しながらバトルを有利に進めよう。
各ボス登場時や特殊武器使用時にはお馴染みの演出がカットイン。ドット絵のイメージそのままに新グラフィックになったキャラクターたちも必見だ。
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